Το σενάριο διαδραματίζεται τέσσερα χρόνια μετά τα γεγονότα του MGS 4 Guns of the Patriot, όπου ο Raiden έχει αποσυρθεί από την ενεργό δράση και αποτελεί μέλος της ειρηνιστικής PMC. Κατά την διάρκεια μιας συνηθισμένης αποστολής, όπου ο Raiden αναλαμβάνει την προστασία του πρωθυπουργού μιας αφρικάνικης χώρας δέχεται επίθεση από ένα cyborg μιας αντίπαλης PMC, της Desperado Enforcement. To cyborg σκοτώνει τον πρωθυπουργό και ακρωτηριάζει τον Raiden. Μερικές εβδομάδες αργότερα, ο Raiden μαθαίνει ότι η Desperado ετοιμάζει ένα πραξικόπημα στο κράτος Abkahzia. Εφοδιασμένος με ένα νέο...cyborg σώμα ο Raiden πηγαίνει στην Sukhumi, την πρωτεύουσα της χώρας, με σκοπό να προστατέψει την Abkahzia από τις δυνάμεις της αδίστακτης PMC.