Ως ο θρυλικός στρατιώτης Naked Snake, ή αλλιώς Big Boss, καλείσαι να εισχωρήσεις στην Camp Omega, μια «μαύρη» στρατιωτική βάση με κάθε λογής κρατούμενους για να πάρεις πίσω δύο σημαντικούς στρατιώτες σου. Πέφτοντας σε παγίδα, ο Snake γυρνά στην βάση του, η οποία δέχτηκε μια καταστροφική επίθεση, ενώ μια έκρηξη τον τραυματίζει τόσο που πέφτει σε κώμα, από το οποίο ξυπνά εννέα χρόνια αργότερα.

Αποφασισμένος να ξαναφτιάξει τον στρατό του και να «γονατίσει» τον εχθρό του, ο Snake ξεκινά μια ακόμη αποστολή που θα κρίνει το μέλλον του, το μέλλον των Diamond Dogs, αλλά και θα αλλάξει την όψη του κόσμου για πάντα.

Αντιμετώπισε έξυπνους εχθρούς που ξεψαχνίζουν ακόμη και τον παραμικρό θόρυβο ή μια σκιά και παρατηρούν τους άδειους κάλυκες στο πάτωμα, καθώς προσπαθείς να εισχωρήσεις είτε μυστικά, είτε με τα όπλα σου να… καίγονται.

Ως ο θρυλικός στρατιώτης Snake, ηγείσαι των Diamond Dogs, μιας οργάνωσης μισθοφόρων που δημιουργήθηκε για να υπηρετεί τα ιδανικά της, αντί για κάποια κυβέρνηση. Εξερεύνησε έναν τεράστιο, ανοιχτό κόσμο γεμάτο ευκαιρίες και πιθανότητες, όπου η ίδια αποστολή δεν θα έχει ποτέ ίδια πορεία — φαντάσου το, και κάντο.